組み込みDBで何か良いものはないかと探してたら、
BerkeleyDBのパフォーマンスが良好な模様。
いつも、ほしのみゆにお世話になってるというkaisehさんのブログより。
http://d.hatena.ne.jp/kaiseh/20090108/1231428851
グラフだけ見れば、BerkeleyDBのパフォーマンスは尋常じゃない。
ホントは、XMLに対応しているJava用の組み込みDBが良いんですけどね。
Derbyはパフォーマンスに難ありだったので、何か違う選択肢ないですかね。